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Biomacromolecular structures, dynamics and interactions by NMR and new developments in NMR technology
Third-party funded project
Project title Biomacromolecular structures, dynamics and interactions by NMR and new developments in NMR technology
Principal Investigator(s) Grzesiek, Stephan
Organisation / Research unit Departement Biozentrum / Structural Biology (Grzesiek)
Project start 01.10.2005
Probable end 30.09.2010
Status Completed
Abstract

Biologische Funktion wird fast immer durch Wechselwirkungen biologischer Makromoleküle vermittelt. Diese Wechselwirkungen sind noch immer schlecht verstanden und bewirken oft grosse strukturelle Änderungen, in manchen Fällen sogar von einer komplett ungefalteten zu einer gefalteten Struktur. Hochauflösungskernspinresonanz (NMR) hat sich zu einem der universellsten Werkzeuge entwickelt, um Biomoleküle präzise zu beschreiben. Dies beinhaltet nicht nur die statische Struktur, sondern auch kinetische und thermodynamische Parameter in atomarer Auflösung. Es ist das Ziel dieses Projektes die speziellen Stärken der NMR-Methode (A) anzuwenden und (B) weiterzuentwickeln, um ein quantitativeres Verständnis von Biomakromolekülen und ihren Wechselwirkungen zu erhalten. Ergebnisse des Teilprojektes A: (1) Bei Cysteinreichen Domänen aus der Nematocystenwand konnte gezeigt werden, dass eine globale Strukturänderung bereits infolge von ein bis zwei Mutationsschritten erfolgen kann. Dies stellt einen bisher einzigartigen experimentellen Beweis der Theorie gleitender evolutionärer Übergänge bei der Entwicklung neuer Eigenschaften von Lebewesen dar. Es wurden dafür mehrere Strukturen der cysteinreichen Domänen aus Minicollagen-1/-15 und NOWA gelöst. (2) Die Struktur von Hexim1 wurde gelöst und die Bindung zu Cyclin T1 charakerisiert. (3) Die Wechselwirkung des Chemokins RANTES mit der Oberfläche des HIV-Korezeptors CCR5 wurde charakterisiert. Der HIV-Korezeptor CCR5 wurde erfolgreich exprimiert und erste Lösungs- und Festkörper-NMR-Spektren aufgenommen (4) Von Lipopolysacharid, dem Auslöser des endotoxischen Schocks wurde eine Struktur im Detergenz-solubilisierten Zustand bestimmt. (5) Die Wechselwirkung der Pilz-Domäne DgrA mit zyklischen Di-GMP wurde charakterisiert. Es wurde eine vorläufige Lösungsstruktur des DgrA/c-di-GMP-Komplexes bestimmt. (6) Die Struktur von T-cadherin-1 wurde gelöst. (7) Die Lösungstruktur von Abl-Kinase, einem wichtigen Target bei der Behandlung von chronischer myeloischer Leukämie, wurde charakterisiert. (7) Es wurde die Struktur der DNA-bindenden Domäne des Antibiotikaresistenzregulators TipA bestimmt. (8) Es wurde die Struktur des Skelettmuskelproteins B-box B2 bestimmt. Ergebnisse des Teilprojektes B: (1) Der Einfluss einzelner Aminosäuren auf die strukturellen Verteilungsfunktionen in kurzkettigen Peptiden wurde durch dipolaren Restwechselwirkungen systematisch charakterisiert. (2) Es konnte durch dipolare Kopplungen und Wasserstoffbrückenkopplungen gezeigt werden, dass selbst unter stark entfaltenden Bedingungen (8 M Urea) ein beta-hairpin in ubiquitin zu 25 % populiert ist. (3) Es wurde eine extrem hochaufgelöste Struktur von Protein GB1 alleine durch dipolare Kopplungen bestimmt. (4) Die Einfluss von Proteindynamik auf Wasserstoffbrückenkopplungen wurde durch Molekulardynamiksimulationen charakterisiert. (5) Es wird im Moment die Druckabhängigkeit der Wasserstoffbrücken mittels Wasserstoffbrückenkopplungen untersucht. (6) In Zusammenarbeit mit Prof. Emsley, Lyon, wurde ein neues Pulsprogramm zur 1H-13C Kreuzpolarisation für ultra-schnelle MAS Festkörper-NMR entwickelt.

Keywords nucleic acid, hydrogen bonds, bonus-of-excellence, protein folding, protein, structure, nuclear magnetic resonance, dynamics
Financed by Swiss National Science Foundation (SNSF)

Published results ()

  ID Autor(en) Titel ISSN / ISBN Erschienen in Art der Publikation
56911  Huang, Jie-rong; Craggs, Timothy D; Christodoulou, John; Jackson, Sophie E  Stable intermediate states and high energy barriers in the unfolding of GFP  0022-2836  Journal of molecular biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
56912  Jackson, Sophie E; Craggs, Timothy D; Huang, Jie-rong  Understanding the folding of GFP using biophysical techniques  1744-8387  Expert review of proteomics  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
57028  Huang, Jie-Rong; Hsu, Shang-Te Danny; Christodoulou, John; Jackson, Sophie E  The extremely slow-exchanging core and acid-denatured state of green fluorescent protein  1955-2068  HFSP Journal  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155748  Häussinger, Daniel; Huang, Jie-rong; Grzesiek, Stephan  DOTA-M8 : an extremely rigid, high-affinity lanthanide chelating tag for PCS NMR spectroscopy  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155749  Grzesiek, S.; Sass, H. J.  From biomolecular structure to functional understanding : new NMR developments narrow the gap  0959-440X ; 1879-033X  Current Opinion in Structural Biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155750  Jensen, M. R.; Markwick, P. R. L.; Meier, S.; Griesinger, C.; Zweckstetter, M.; Grzesiek, S.; Bernado, P.; Blackledge, M.  Quantitative determination of the conformational properties of partially folded and intrinsically disordered proteins using NMR dipolar couplings  0969-2126 ; 1878-4186  Structure  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155751  Vajpai, Navratna; Strauss, André; Fendrich, Gabriele; Cowan-Jacob, Sandra W.; Manley, Paul W.; Jahnke, Wolfgang; Grzesiek, Stephan  Backbone NMR resonance assignment of the Abelson kinase domain in complex with imatinib  1874-2718 ; 1874-270X  Biomolecular NMR Assignments  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155752  Adamczyk, Patrizia; Meier, Sebastian; Gross, Thomas; Hobmayer, Bert; Grzesiek, Stephan; Bächinger, Hans Peter; Holstein, Thomas W; Ozbek, Suat  Minicollagen-15, a novel minicollagen isolated from Hydra, forms tubule structures in nematocysts  0022-2836  Journal of molecular biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155753  Cordier, Florence; Nisius, Lydia; Dingley, Andrew J.; Grzesiek, Stephan  Direct detection of N-H[...]O=C hydrogen bonds in biomolecules by NMR spectroscopy  1754-2189 ; 1750-2799  Nature Protocols  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155754  Dames, Sonja A; Bang, Eunjung; Haüssinger, Daniel; Ahrens, Thomas; Engel, Jürgen; Grzesiek, Stephan  Insights into the low adhesive capacity of human T-cadherin from the NMR structure of Its N-terminal extracellular domain  0021-9258  Journal of biological chemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155756  Laage, Segolene; Marchetti, Alessandro; Sein, Julien; Pierattelli, Roberta; Sass, Hans Juergen; Grzesiek, Stephan; Lesage, Anne; Pintacuda, Guido; Emsley, Lyndon  Band-selective ¹H-¹³C cross-polarization in fast magic angle spinning solid-state NMR spectroscopy  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155757  Meier, Sebastian; Blackledge, Martin; Grzesiek, Stephan  Conformational distributions of unfolded polypeptides from novel NMR techniques  0021-9606 ; 1089-7690  Journal of Chemical Physics  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155758  Nisius, Lydia; Rogowski, Marco; Vangelista, Luca; Grzesiek, Stephan  Large-scale expression and purification of the major HIV-1 coreceptor CCR5 and characterization of its interaction with RANTES  1096-0279  Protein expression and purification  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155759  Vajpai, Navratna; Strauss, André; Fendrich, Gabriele; Cowan-Jacob, Sandra W.; Manley, Paul W.; Grzesiek, Stephan; Jahnke, Wolfgang  Solution conformations and dynamics of ABL kinase-inhibitor complexes determined by NMR substantiate the different binding modes of imatinib/nilotinib and dasatinib  0021-9258  Journal of biological chemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155760  Wang, W.; Sass, H.J.; Zahringer, U.; Grzesiek, S.  Structure and dynamics of 13C,15N-labeled lipopolysaccharides in a membrane mimetic  1521-3773  Angewandte Chemie. International edition in English  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155761  Mrosek, Michael; Meier, Sebastian; Ucurum-Fotiadis, Zöhre; von Castelmur, Eleonore; Hedbom, Erik; Lustig, Ariel; Grzesiek, Stephan; Labeit, Dietmar; Labeit, Siegfried; Mayans, Olga  Structural analysis of B-Box 2 from MuRF1 : identification of a novel self-association pattern in a RING-like fold  0006-2960  Biochemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155763  Dames, Sonja A; Schönichen, André; Schulte, Antje; Barboric, Matjaz; Peterlin, B Matija; Grzesiek, Stephan; Geyer, Matthias  Structure of the Cyclin T binding domain of Hexim1 and molecular basis for its recognition of P-TEFb  0027-8424  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155764  Meier, Sebastian; Grzesiek, Stephan; Blackledge, Martin  Mapping the conformational landscape of urea-denatured ubiquitin using residual dipolar couplings  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155765  Sass, Hans-Jürgen; Schmid, Franziska Fang-Fang; Grzesiek, Stephan  Correlation of protein structure and dynamics to scalar couplings across hydrogen bonds  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155766  Meier, Sebastian; Jensen, Pernille Rose; Adamczyk, Patrizia; Bächinger, Hans Peter; Holstein, Thomas W; Engel, Jürgen; Ozbek, Suat; Grzesiek, Stephan  Sequence-structure and structure-function analysis in cysteine-rich domains forming the ultrastable nematocyst wall  0022-2836  Journal of molecular biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155767  Christen, M.; Christen, B.; Allan, M.G.; Folcher, M.; Jeno, P.; Grzesiek, S.; Jenal, U.  DgrA is a member of a new family of cyclic diguanosine monophosphate receptors and controls flagellar motor function in Caulobacter crescentus  0027-8424  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155768  Meier, Sebastian; Strohmeier, Mark; Blackledge, Martin; Grzesiek, Stephan  Direct observation of dipolar couplings and hydrogen bonds across a beta-hairpin in 8 M urea  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155769  Meier, S.; Jensen, P. R.; David, C. N.; Chapman, J.; Holstein, T. W.; Grzesiek, S.; Ozbek, S.  Continuous molecular evolution of protein-domain structures by single amino acid changes  0960-9822 ; 1879-0445  Current Biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155770  Duma, Luminita; Häussinger, Daniel; Rogowski, Marco; Lusso, Paolo; Grzesiek, Stephan  Recognition of RANTES by extracellular parts of the CCR5 receptor  0022-2836  Journal of molecular biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155771  Bouvignies, Guillaume; Meier, Sebastian; Grzesiek, Stephan; Blackledge, Martin  Ultrahigh-resolution backbone structure of perdeuterated protein GB1 using residual dipolar couplings from two alignment media  1521-3773  Angewandte Chemie. International edition in English  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155772  Dames, S. A.; Schonichen, A.; Grzesiek, S.; Geyer, M.  NMR assignment of the Cyclin T-binding domain of human Hexim1  0925-2738 ; 1573-5001  Journal of Biomolecular NMR  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155773  Dames, Sonja Alexandra; Aregger, Regula; Vajpai, Navratna; Bernado, Pau; Blackledge, Martin; Grzesiek, Stephan  Residual dipolar couplings in short peptides reveal systematic conformational preferences of individual amino acids  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155774  Cordier, Florence; Hartmann, Britta; Rogowski, Marco; Affolter, Markus; Grzesiek, Stephan  DNA recognition by the brinker repressor - an extreme case of coupling between binding and folding  0022-2836  Journal of molecular biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155775  Bouvignies, Guillaume; Bernadó, Pau; Meier, Sebastian; Cho, Kyuil; Grzesiek, Stephan; Brüschweiler, Rafael; Blackledge, Martin  Identification of slow correlated motions in proteins using residual dipolar and hydrogen-bond scalar couplings  0027-8424  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155776  Dingley, Andrew J; Peterson, Robert D; Grzesiek, Stephan; Feigon, Juli  Characterization of the Cation and Temperature Dependence of DNA Quadruplex Hydrogen Bond Properties Using High-Resolution NMR  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
155777  Dames, S.A.; Mulet, J.M.; Rathgeb-Szabo, K.; Hall, M.N.; Grzesiek, S.  The solution structure of the FATC domain of the protein kinase target of rapamycin suggests a role for redox-dependent structural and cellular stability  0021-9258  The Journal of Biological Chemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
167810  Huang, Jie-rong; Grzesiek, Stephan  Ensemble calculations of unstructured proteins constrained by RDC and PRE data : a case study of urea-denatured ubiquitin  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
405575  Lewandowski, Józef R; Sein, Julien; Sass, Hans Jürgen; Grzesiek, Stephan; Blackledge, Martin; Emsley, Lyndon  Measurement of site-specific 13C spin-lattice relaxation in a crystalline protein  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
405576  Schönichen, André; Bigalke, Janna M; Urbanke, Claus; Grzesiek, Stephan; Dames, Sonja A; Geyer, Matthias  A flexible bipartite coiled coil structure is required for the interaction of Hexim1 with the P-TEFB subunit cyclin T1  0006-2960  Biochemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
405577  Vajpai, Navratna; Gentner, Martin; Huang, Jie-Rong; Blackledge, Martin; Grzesiek, Stephan  Side-chain chi(1) conformations in urea-denatured ubiquitin and protein G from (3)J coupling constants and residual dipolar couplings  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
405578  Zhang, Jianming; Adrián, Francisco J; Jahnke, Wolfgang; Cowan-Jacob, Sandra W; Li, Allen G; Iacob, Roxana E; Sim, Taebo; Powers, John; Dierks, Christine; Sun, Fangxian; Guo, Gui-Rong; Ding, Qiang; Okram, Barun; Choi, Yongmun; Wojciechowski, Amy; Deng, Xianming; Liu, Guoxun; Fendrich, Gabriele; Strauss, André; Vajpai, Navratna; Grzesiek, Stephan; Tuntland, Tove; Liu, Yi; Bursulaya, Badry; Azam, Mohammad; Manley, Paul W; Engen, John R; Daley, George Q; Warmuth, Markus; Gray, Nathanael S  Targeting Bcr-Abl by combining allosteric with ATP-binding-site inhibitors  0028-0836  Nature  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
491025  Huang, J.-rong; Grzesiek, S.  Ensemble calculations of unstructured proteins constrained by RDC and PRE data: a case study of urea-denatured ubiquitin  0002-7863  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
727786  Habazettl, Judith; Allan, Martin G; Jenal, Urs; Grzesiek, Stephan  Solution structure of the PilZ domain protein PA4608 complex with cyclic di-GMP identifies charge clustering as molecular readout  0021-9258  Journal of biological chemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
744150  Vuister, Geerten W.; Tjandra, Nico; Shen, Yang; Grishaev, Alex; Grzesiek, Stephan  Measurement of structural restraints in "A guide to protein NMR spectroscopy"    Protein NMR spectroscopy : principal techniques and applications  Publication: Book Item (Buchkap., Lexikonartikel, jur. Kommentierung, Beiträge in Sammelbänden etc.) 
941923  Bigalke, Janna M.; Dames, Sonja A.; Blankenfeldt, Wulf; Grzesiek, Stephan; Geyer, Matthias  Structure and Dynamics of a Stabilized Coiled-Coil Domain in the P-TEFb Regulator Hexim1  0022-2836 ; 1089-8638  Journal of Molecular Biology  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
941925  Lewandowski, Józef R.; Sass, Hans Jürgen; Grzesiek, Stephan; Blackledge, Martin; Emsley, Lyndon  Site-specific measurement of slow motions in proteins  0002-7863 ; 1520-5126  Journal of the American Chemical Society  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
941927  Dames, Sonja A.; Junemann, Alexander; Sass, Hans J.; Schönichen, André; Stopschinski, Barbara E.; Grzesiek, Stephan; Faix, Jan; Geyer, Matthias  Structure, dynamics, lipid binding, and physiological relevance of the putative GTPase-binding domain of Dictyostelium formin C  0021-9258 ; 1083-351X  Journal of Biological Chemistry  Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) 
961890  Grzesiek, Stephan; Becker, Edwin D.  Hydrogen bonding  978-0-470-05821-3  Encyclopedia of NMR  Publication: Book Item (Buchkap., Lexikonartikel, jur. Kommentierung, Beiträge in Sammelbänden etc.) 

Cooperations ()

  ID Kreditinhaber Kooperationspartner Institution Laufzeit - von Laufzeit - bis
479630  Grzesiek, Stephan  Schertler Gebhard, Prof.   Paul Scherrer Institut  01.10.2010  30.09.2013 
479632  Grzesiek, Stephan  Stahlberg Henning, Prof.   Universität Basel  01.01.2010  30.09.2013 
479633  Grzesiek, Stephan  Baldus Marc, Prof.  University of Utrecht  01.10.2010  30.09.2013 
479635  Grzesiek, Stephan  Jahnke Wolfgang, Dr.   Novartis Basel  01.10.2010  30.09.2013 
479636  Grzesiek, Stephan  Zähringer Ulrich, Prof.  Forschungszentrum Borstel  01.10.2010  30.09.2013 
479637  Grzesiek, Stephan  Blackledge Martin, Dr.   IBS Grenoble  01.10.2010  30.09.2013 
479639  Grzesiek, Stephan  Emsley Lyndon, Prof.   ENS Lyon  01.10.2010  30.09.2013 
   

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13/05/2024