Am 01.04.2009 haben der Kanton Aargau und die Universität Basel vereinbart, für vorerst fünf Jahre eine Professur für provinzialrömische Archäologie einzurichten. Dies mit dem Ziel, die interdisziplinäre Grundlagenforschung durch Aufarbeitung von Ausgrabungen in römischen Fundstellen im Kanton Aargau voranzutreiben. Die Vereinbarung wurde am 30. Oktober 2012 bis Ende 2015 verlängert. Am 25.11.2014 hat der Grosse Rat des Kantons Aargau auf Antrag des Departement Bildung, Kultur und Sport die Entfristung seines finanziellen Engagements per 1.1.2016 beschlossen.

Organisatorisch angegliedert ist die „Vindonissa-Professur“ dem Departement Altertumswissenschaften bzw. dem Fach Ur- und Frühgeschichtliche und Provinzialrömische Archäologie.

Im Sinne einer "Integrativen Archäologie" arbeitet die Vindonissa-Professur nicht nur eng mit den anderen altertumswissenschaftlichen Fächern zusammen, sondern auch mit den am IPNA vertretenen naturwissenschaftlichen Nachbardisziplinen (Archäobotanik, Archäozoologie, Anthropologie, Dendrologie, Geoarchäologie, Palynologie).

Wichtigste Partner der Vindonissa-Professur in Lehre und Forschung sind – neben zahlreichen anderen Kooperationspartnern im In- und Ausland – die Kantonsarchäologie Aargau, die Römerstadt Augusta Raurica sowie die Séction d’Archéologie des Office du Patrimoine Historique des Kanton Jura (www.jura.ch/DFCS/OCC/Archeologie-et-paleontologie.html).

Grundlage bildet eine am 22.10.2015 unterzeichnete « Lettre d'intention en vue d'une collaboration entre le Département des sciences de l'antiquité de l'Université de Bâle et la Section d'archéologie et paléontologie de l'Office de la culture de la République et Canton du Jura ».