Das Projekt „Theo, der Pfeifenraucher“ ist ein interdisziplinäres Forschungsprojekt, in dem Natur- und Geisteswissenschaften sich optimal ergänzen. Das Projekt setzt sich zum Ziel, ein bis anhin anonymes Skelett zu identifizieren und dessen Lebensalltag um 1800 zu erforschen. Drei unterschiedliche Quellengattungen dienen dabei als Grundlage:

Im Bioarchiv menschliches Skelett liegen in Knochen und Zähnen individuelle Informationen zum Aussehen, Herkunft, Arbeitsbelastung, Ernährung und Gesundheit vor. Schriftquellen ermöglichen Einblick in die Lebensbedingungen historischer Bevölkerungen, können jedoch selten konkret auf den Lebensalltag eines Unterschichtsahngehörigen eingehen. Zeitgenössische bildliche Darstellungen stellen eine weitere wichtige Informationsquelle zur Alltagsgeschichte städtischer Bevölkerungen dar, die sozialkritisch evaluiert sein will.

Die Synthese der Forschungsergebnisse soll einerseits die Identifizierung der gesuchten Person ermöglichen. Andererseits soll der Lebensalltag eines Menschen aus einer unteren sozialen Schichten erforscht worden. Im Zentrum stehen dabei die Fragen nach Wohnsituation, Freizeit, Krankenpflege, Lebensunterhaltskosten, Ernährung und Gesundheit der Unterschicht der städtischen Bevölkerung Basels um 1800. Die Ergebnisse sollen in Form einer Publikation einer breiten Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden.

Das Projekt starte im Jahr 2007 im Naturhistorischen Museum Basel mit der interaktiven Ausstellung „Theo, der Pfeifenraucher“. Mit der Ausstellung wurde die Bevölkerung aufgefordert, bei der Identifizierung eines Skeletts mitzuarbeiten. Das Projekt war von Beginn an als Experiment konzipiert und hatte neben den bereits erwähnten Forschungsschwerpunkten ebenso zum Ziel, die Bevölkerung aktiv in der Forschungsarbeit zu „Theo“ mit ein zu beziehen. Mit dem Aufruf zur Mitarbeit sollte die Trennung zwischen aktiver Forschung und „passiver“, „konsumierender“ Öffentlichkeit aufgehoben werden. Wer sich für das Forschungsprojekt interessierte, konnte an der Identifizierung Theos mitarbeiten. Dieses Konzept der "Citizen Science" hat sich bewährt und über 50 ehrenamtliche Mitarbeitende haben das Projekt substanziell gefördert.