Nach der Einstellung des eigentlichen Klosterbetriebes im Zuge der Reformation blieben die Basler Klöster als Stiftungen mit eigener Verwaltung und beträchtlichem Vermögen bestehen. Ihre direkten Verwalter, die Schaffner, zogen weiterhin die den jeweiligen Klöstern zustehenden Zehnten und Zinsen ein und setzten diese Mittel in erster Linie zu kirchlichen Zwecken ein – etwa zur Besoldung der reformierten Geistlichkeit, zur Instandhaltung von Kirchen und Klostergebäuden sowie in der Armenfürsorge und im Schulwesen. Jedem Kloster wurden aus den Reihen des Rates mehrere Pfleger zugewiesen, denen die Aufsicht über den jeweiligen Schaffner oblag.

An der Verwaltung des Klostergutes entzündeten sich jedoch insbesondere im 17. Jahrhundert zahlreiche Konflikte: Die Basler Geistlichkeit kritisierte wiederholt die Verwendung des Klostergutes zu nichtkirchlichen Zwecken; der Rat sah sich regelmässig gezwungen, die Schaffner zur Rechnungsablegung anzumahnen, und der politischen Elite wurde vorgeworfen, die Schaffnerstellen und Pflegerämter zu ihrer persönlichen Bereicherung zu nutzen.

Am Beispiel des Basler Klostergutes untersucht das Projekt Ressourcen- und Machtkonflikte in einer frühneuzeitlichen Stadt. Dabei sollen diese Konflikte nicht nur auf der Ebene des Rats und der Gerichte in den Blick genommen werden, sondern dort, wo sie entstanden: in der Verwaltung des Klostergutes selbst.