Das Mikrofilmarchiv des Musikwissenschaftlichen Seminars wurde vor nunmehr 75 Jahren gegründet. Erste Impulse gingen Ende 1936 vom damaligen Institutsleiter Jacques Handschin aus, der an die Freiwillige Akademische Gesellschaft ein Gesuch um 600 Franken für den Erwerb einer photographischen Ausrüstung richtete. Mit dieser sollten Aufnahmen von Handschriften hergestellt werden, um Studien anhand der überlieferten „Urmaterialien“ durchführen zu können. So wurden zu Beginn des Jahres 1937 die Geräte und Zubehör wie Filme, Alben und Filmtaschen erworben und somit war die Einrichtung „Photographisches Archiv“ lebensfähig. Bald wurden erste Aufnahmen von Schweizer Handschriften sowie von nach Basel ausgeliehenen Quellen gemacht. Von der schnellen Expansion zeugen auch die Jahresrechnungen des Instituts: in den ersten Jahren betragen die Kosten für das Archiv an die 40% Prozent der gesamten Ausgaben. Auch die über Bestellungen geführte Korrespondenz zeigt, dass der geographische Fokus schon früh ausgedehnt wurde und u. a. aus dem „einzigartigen und musikwissenschaftlich noch wenig durchforschten Depot“ der Bibliothèque Nationale in Paris Aufnahmen bestellt wurden. Auch wenn während der Kriegsjahre der Aufbau langsamer vonstatten ging – Arbeit am Archiv gab es immer genug. In den Jahresberichten wird die Bedeutung des Archivs stets unterstrichen indem die musikalischen Quellen als höchst notwendig angesehen werden: Sie ergänzen die Bestände der Universitätsbibliothek durch Materialien aus wichtigen Sammlungen bedeutender Bibliotheken und machen sie vor Ort für die Forschung verfügbar. Der Aufbau der Basler Sammlung setzte für die Wissenschaft, insbesondere im Bereich der Erforschung der damals kaum bekannten Quellen des Mittelalters und der frühen Neuzeit, wichtige Impulse. Auch heute noch ist diese mehr als 10.000 Filme bzw. über eine Million Einzelaufnahmen umfassende Sammlung in ihrer systematischen Sammlungstätigkeit sowie ihrer Vielfalt einzigartig im europäischen Raum: Sie enthält fast alle bekannten Quellen der ein- und mehrstimmigen Musik bis zum Ende des 15. Jahrhunderts, eine breite Auswahl an mittelalterlichen musiktheoretischen Handschriften aus dem europäischen und dem arabischen Raum, sowie repräsentative Bestände vom 16. bis ins 20. Jahrhundert.
In welchem Masse die Filme mit den gleichsam entmaterialisierten Handschriften selbst zu Zeugen der Geschichte wurden, zeigt sich in den Jahresberichten während des Zweiten Weltkriegs: Einerseits erwies sich die Anschaffung neuer Aufnahmen durch die Auslagerungen der Handschriften als schwierig, andererseits sind es nun die Basler Filme, die den „auswärtigen Forschern Originale ersetzen, die gegenwärtig nicht benutzbar sind“ – und dies ist in einigen Fällen bis heute so, wenn die Aufnahmen aus der Anfangszeit des Archivs die einzigen zugänglichen Dokumente von im Krieg vernichteten Quellen darstellen.