Comme le notaient en 2011 les éditeurs d’un volume consacré aux relations entre littérature et savoirs, « le texte littéraire transgresse les cercles de connaissance des sciences ». Or Le Livre mystique franchit sans doute ces frontières plus que toute œuvre de Balzac, car ce dernier y rétablit entre sciences positives et discours spiritualiste une continuité qui affecte également sa présentation des relations entre science et littérature, et qui le conduit à organiser les disciplines selon une topologie alternative, déployant son encyclopédie dans un espace géométrique récusant les distances.