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Advanced Imaging System for Biomolecular Crystallization Screening
Third-party funded project |
Project title |
Advanced Imaging System for Biomolecular Crystallization Screening |
Principal Investigator(s) |
Maier, Timm
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Co-Investigator(s) |
Hiller, Sebastian Schirmer, Tilman Stahlberg, Henning
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Organisation / Research unit |
Departement Biozentrum / Structural Biology (Maier) |
Project start |
01.12.2012 |
Probable end |
30.11.2013 |
Status |
Completed |
Abstract |
Proteine üben eine Vielzahl biologischer Funktionen aus und besitzen eine an ihre spezifische Aufgabe angepasste Struktur. Die Aufklärung dieser Raumstruktur ermöglicht Einsichten in biologische Mechanismen. Die erfolgreichste Technik hierzu ist die Röntgenkristallographie, die im wesentlichen nur durch die Suche nach Kristallisationsbedingungen eingeschränkt ist. Das beantragte Bildgebungssystem verwendet neue optische Methoden um diesen Engpass für die Proteinstrukturbestimmung zu beseitigen.
Die Aufklärung von Proteinstrukturen erlaubt Einsichten in biologische Mechanismen mit atomarer Auflösung und leistet einen Beitrag zur Entwicklung neuer Medikamente. Die wichtigste Technik zur Strukturaufklärung ist die Kristallographie. Sie ermöglicht es, die Strukturen von Proteinen aller Arten und Grössen bis hin zu riesigen molekularen Maschinen bei hoher Auflösung zu untersuchen. Eine wesentliche Vorbedingung für die kristallographische Untersuchung ist allerdings das Züchten von Kristallen des jeweiligen Proteins. Die Kristallisation selber und optimale Kristallisationsbedingungen sind nicht vorhersagbar, sondern werden in empirischen Reihentests bestimmt. Trotz moderner Robotik ist das Züchten grosser Kristalle immer noch der wesentliche Engpass der Proteinkristallographie. Neuartige Röntgenquellen, die sogenannten Freien Röntgenlaser ermöglichen seit kurzem das Arbeiten mit immer kleineren Kristallen bis in den Submikrometerbereich. Generell ist das Auffinden von Kristallen in Kristallisationstropfen ein schwieriger Vorgang, der bisher zumeist mit Hilfe von Hellfeldmikroskopie durchgeführt wurde. Das beantragte Gerät ist ein Hochdurchsatz-System zur Aufbewahrung und mikroskopischen Analyse von Proteinkristallisationsansätzen, das neben der Hellfeldmikroskopie eine zusätzliche Laser-basierte Bildgebungstechnik nutzt. Diese sog. SHG-Methode erlaubt die spezifische Detektion von hochperiodischen Materialien, wie Kristallen, selbst in optisch inhomogenen Kristallisationstropfen und ist sensitiv genug, um Submikrometer-Kristalle zu detektieren. Durch den erhöhten Durchsatz und die neuartigen Detektionsmöglichkeiten trägt dieses Bildgebungssystem wesentlich zu einer erfolgreichen Aufklärung von biologisch und pharmakologisch hochrelevanten Proteinstrukturen bei
The requested advanced imaging system for biomolecular crystallization screening combines standard visual light microscopy with the advanced SONICC imaging technology, based on second harmonic generation in chiral crystals. It provides superior selectivity for crystalline material even in turbid or inhomogeneous media typically observed in biological crystallization screening. It's high sensitivity permits detection even of submicrometer-sized nanocrystals, which in combination with the recently introduced method of X-ray free electron laser based serial nanocrystallography, open a new way towards structure determination of challenging protein targets. Thus, these advanced imager helps to overcome key bottlenecks in biomolecular crystalllization screening for a number of structure determination at and beyond the Biozentrum of the University of Basel.
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Financed by |
Swiss National Science Foundation (SNSF)
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Published results () |
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ID |
Autor(en) |
Titel |
ISSN / ISBN |
Erschienen in |
Art der Publikation |
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2796973 |
Bukhari, Habib S. T.; Jakob, Roman P.; Maier, Timm |
Evolutionary origins of the multienzyme architecture of giant fungal Fatty Acid synthase |
0969-2126 |
Structure |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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2814836 |
Jakob, Roman P.; Koch, Johanna R.; Burmann, Björn M.; Schmidpeter, Philipp A. M.; Hunkeler, Moritz; Hiller, Sebastian; Schmid, Franz X.; Maier, Timm |
Dimeric structure of the bacterial extracellular foldase PrsA |
0021-9258 ; 1083-351X |
Journal of Biological Chemistry |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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3157890 |
Preston, Roland C.; Jakob, Roman P.; Binder, Florian P. C.; Sager, Christoph P.; Ernst, Beat; Maier, Timm |
E-selectin ligand complexes adopt an extended high-affinity conformation |
1674-2788 ; 1759-4685 |
Journal of Molecular Cell Biology |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
|
3176302 |
Arquint, Christian; Gabryjonczyk, Anna-Maria; Imseng, Stefan; Böhm, Raphael; Sauer, Evelyn; Hiller, Sebastian; Nigg, Erich A.; Maier, Timm |
STIL binding to Polo-box 3 of PLK4 regulates centriole duplication |
2050-084X |
eLife |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
|
3449973 |
Sauer, Maximilian M; Jakob, Roman P; Eras, Jonathan; Baday, Sefer; Eriş, Deniz; Navarra, Giulio; Bernèche, Simon; Ernst, Beat; Maier, Timm; Glockshuber, Rudi |
Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH |
2041-1723 |
Nature communications |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
|
3456240 |
Herbst, Dominik A.; Jakob, Roman P.; Zähringer, Franziska; Maier, Timm |
Mycocerosic acid synthase exemplifies the architecture of reducing polyketide synthases |
0028-0836 |
Nature |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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3491804 |
Hunkeler, Moritz; Stuttfeld, Edward; Hagmann, Anna; Imseng, Stefan; Maier, Timm |
The dynamic organization of fungal acetyl-CoA carboxylase |
2041-1723 |
Nature Communications |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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3564413 |
Hagmann, Anna; Hunkeler, Moritz; Stuttfeld, Edward; Maier, Timm |
Hybrid Structure of a Dynamic Single-Chain Carboxylase from Deinococcus radiodurans |
0969-2126 ; 1878-4186 |
Structure |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
|
3534144 |
Jakob, Roman P.; Schmidpeter, Philipp A. M.; Koch, Johanna R.; Schmid, Franz X.; Maier, Timm |
Structural and Functional Characterization of a Novel Family of Cyclophilins, the AquaCyps |
1932-6203 |
PLoS ONE |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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3123404 |
Fujieda, Nobutaka; Schaetti, Jonas; Stuttfeld, Edward; Ohkubo, Kei; Maier, Timm; Fukuzumi, Shunichi; Ward, Thomas R. |
Enzyme repurposing of a hydrolase as an emergent peroxidase upon metal binding |
2041-6520 ; 2041-6539 |
Chemical Science |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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3394879 |
Aylett, Christopher H. S.; Sauer, Evelyn; Imseng, Stefan; Boehringer, Daniel; Hall, Michael N.; Ban, Nenad; Maier, Timm |
Architecture of human mTOR complex 1 |
0036-8075 ; 1095-9203 |
Science |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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3765544 |
Storm, Philip A.; Herbst, Dominik A.; Maier, Timm; Townsend, Craig A. |
Functional and Structural Analysis of Programmed C-Methylation in the Biosynthesis of the Fungal Polyketide Citrinin |
2451-9456 |
Cell Chemical Biology |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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4029939 |
Sager, Christoph P.; Fiege, Brigitte; Zihlmann, Pascal; Vannam, Raghu; Rabbani, Said; Jakob, Roman P.; Preston, Roland C.; Zalewski, Adam; Maier, Timm; Peczuh, Mark W.; Ernst, Beat |
The price of flexibility - a case study on septanoses as pyranose mimetics |
2041-6520 ; 2041-6539 |
Chemical Science |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
|
4442517 |
Herbst, Dominik A.; Huitt-Roehl, Callie R.; Jakob, Roman P.; Kravetz, Jacob M.; Storm, Philip A.; Alley, Jamie R.; Townsend, Craig A.; Maier, Timm |
The structural organization of substrate loading in iterative polyketide synthases |
1552-4469 |
Nature Chemical Biology |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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4483794 |
Zihlmann, Pascal; Silbermann, Marleen; Sharpe, Timothy; Jiang, Xiaohua; Mühlethaler, Tobias; Jakob, Roman P.; Rabbani, Said; Sager, Christoph P.; Frei, Priska; Pang, Lijuan; Maier, Timm; Ernst, Beat |
KinITC-One Method Supports both Thermodynamic and Kinetic SARs as Exemplified on FimH Antagonists |
1521-3765 |
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) |
Publication: JournalArticle (Originalarbeit in einer wissenschaftlichen Zeitschrift) |
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